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全自动菌落计数仪器广泛应用于食品和饮料的品质和卫生检验、乳制品行业、医院、化妆品、制药工业当中的微生物实验室检测等等，适用于对微生物的菌落计数和分析，能够完成所有的菌落读数类型，Smartcounter用户操作界面简洁、易用，是现代微生物检测实验室先进和菌落计数器。
分析软件是自动菌落计数仪的另一块核心成分。因为菌落生物的存在多样性，在培养基上的表现或显像不可能大体一致，针对这类变化，在分析软件选型上要考虑：对于各类成像干扰的自动排出能力。比如：是否能自动矫正背景，等等。另外，对于严重粘连在一起的团装、链状分布菌落，将其自动分割开来的水平，也是评价分析软件的考量指标。尤其是：对于同类菌落的“一键”化的智能分类计数能力，以及对于菌落计数分类的自动识别学习能力，更是评价分析软件的关键考量指标。现在比较好的分析软件，还集成了对6个90mm直径平皿的抑菌圈全自动测量功能，以及对抗生素效价分析、药敏分析功能，可避免用户重复购置成像用的硬件。一般分析软件都具应具备对于分析结果和标记图像的保存、查看功能。
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全自动菌落计数仪器